تشكيلات اصلي جهاد دانشگاهي عبارت است از: شوراي مركزي، دفتر مركزي، مجمع عمومي و جهادهاي دانشگاهها. ماده 4 (اصلاحي )(منسوخه 11ˏ09ˏ1365) شوراي مركزي جهاد دانشگاهي داراي رئيسي خواهد بود كه از بين دو نفر نمايندگان شورايعالي انقلاب فرهنگي در شوراي مركزي جهاد دانشگاهي توسط شوراي مركزي جهاد انتخاب و با تأييد شورايعالي انقلاب فرهنگي و بموجب حكم رئيس شورايعالي انقلاب فرهنگي منصوب ميگردد.