وظايف بخشهاي دفتر مركزي الف - وظايف بخش طرح و تحقيقات. ۱ - برنامه ريزي و اجراي طرحها و برنامه هاي تحقيقاتي و برخي مطالعات و خدمات مورد نياز جامعه.
تبصره
اولويت با تحقيقات است و نبايد تحت الشعاع كارهاي خدماتي قرار گيرد. ۲ - همكاري با مسئولان پژوهشي دانشگاه در برنامه ريزي و اجراي طرحهاي مناسب جهت رشد روحيه تتبع و ابتكار دانشگاهيان در صورت درخواست دانشگاه ۳ – برقرار كردن ارتباط و هماهنگي با ارگانها و نهادها و مراكز پژوهشي بيرون از دانشگاه ۴ - جمع آوري اطلاعات تحقيقاتي مورد نياز جهاد دانشگاهي با استفاده از بانك اطلاعاتي وزارت فرهنگ و آموزش عالي و ساير منابع ذيربط. ۵ - همكاري با نهادهاي انقلابي و سازمانهاي دولتي در جهت رفع نيازهاي تخصصي آنان. ۶ - ايجاد ارتباط با مراكز تحقيقاتي و علمي خارج از كشور با تأييد دفتر مركزي و از طريق مجاري قانوني كشور. ۷ - داير كردن هسته هاي تحقيقاتي علمي در جهادهاي دانشگاهي.
تبصره 1
مسئولين ذيربط موظفند نتيجه فعاليت تحقيقاتي اساتيد در جهاد دانشگاهي را در صورتيكه منطبق بر ضوابط ارتقاء اعضاء هيأت علمي باشد بپذيرند. همچنين دانشجويان مي توانند پروژه هاي تحصيلي و يا كارآموزي خود را با موافقت استاد مربوط و هماهنگي دانشگاه در جهاد بگذرانند.
تبصره 2
تهيه، تصويب و اجراي طرحهاي تحقيقاتي در جهاد دانشگاهي مطابق با آئيننامه مربوط به طرحهاي تحقيقاتي مصوب شوراي مركزي جهاد دانشگاهي صورت ميگيرد. ب - وظايف بخش فرهنگي ۱ - انجام فعاليتهاي فرهنگي در دانشگاهها.
تبصره
جهاد دانشگاهي مي تواند در سطح جامعه و در چهارچوب ضوابط فرهنگي كشور به فعاليتهاي فرهنگي مبادرت ورزد. ۲ - كمك و همكاري با معاونت دانشجويي در هر دانشگاه در انجام فعاليتهاي فوق برنامه اي كه جزو وظايف معاونت دانشجويي است. ۳ - كمك در امور اجرايي جهت برگزار كردن دروس معارف اسلامي، در صورت درخواست مسئولان دانشگاه از جهاد. ۴ - مشاركت و همكاري در اسلامي كردن دانشگاه ۵ - تلاش در جهت ارتباط بيشتر دانشگاهيان با حوزه هاي علميه و روحانيت ۶ - انتشار كتب و مقالات دانشگاهي در زمينه فرهنگ و معارف اسلامي و مسائل سياسي و اجتماعي و علمي. ۷ - ارتباط و همكاري با نهادها و سازمانهاي فرهنگي - هنري جامعه. ج - وظايف بخش مالي و اداري ۱ - انجام امور اداري و مالي جهاد دانشگاهي ۲ - پيش بيني، تهيه و تنظيم بودجه مورد نياز جهاد دانشگاهي و ارائه آن به شوراي مركزي جهاد جهت پيشنهاد تصويب به شوراي عالي انقلاب فرهنگي. ۳ - انجام امور رفاهي اعضاي جهاد دانشگاهي شامل بيمه، وام، مسكن،... د - وظايف بخش امور جهادهاي دانشگاهها: ۱ - نظارت و ارزيابي عملكرد جهادهاي دانشگاهي و ارائه آن به شوراي مركزي ۲ - برگزاري جلسات عمومي به منظور هماهنگي بين جهاد دانشگاهي ۳ - اجراي طرحهاي مصوب شوراي مركزي جهاد دانشگاهي در زمينه بسيج نيروهاي دانشگاهي در جهت رفع نيازهاي جامعه اسلامي و اجراي طرحهاي جهاد در اين زمينه با همكاري ساير بخشهاي جهاد. ۴ - جمع آوري نظرات اصلاحي جهادها و ارائه آن به شوراي مركزي ۵ - شناسايي اشخاص براي تعيين دبير شوراي جهاد دانشگاهي هر دانشگاه و معرفي به شوراي مركزي ۶ - تشكيل دفاتر پشتيباني جبهه و جنگ در دفتر مركزي و دانشگاهها همكاري و هماهنگي با نهادهاي ذيربط
تبصره
وظايف ياد شده، در داخل دانشگاه به عهده بخش اداري - مالي جهاد آن دانشگاه ميباشد.