اركان اصلي سازمان اركان اصلي سازمان عبارتند از: شوراي سازمان - رئيس سازمان الف (اصلاحي 04ˏ12ˏ1366) - شوراي سازمان كه بالاترين مرجع سازمان است از اعضاي زير تشكيل مي شود:
1
رئيس سازمان كه رئيس شورا هم خواهد بود.
2
دو نفر از اعضاي شورايعالي انقلاب فرهنگي .
3
معاون پژوهشي وزارت فرهنگ و آموزش عالي .
4
معاون پژوهشي سازمان .
5
چهار نفر به پيشنهاد رئيس سازمان و تأييد شورا.
تبصره (اصلاحي 04ˏ12ˏ1366)
همچنين شورا در مواردي كه لازم بداند مي تواند از ساير صاحبنظران هم براي حضور در جلسات بدون حق رأي دعوت بعمل آورد. جلسات شورا با حداقل ، دو سوم كل اعضا رسميت مي يابد و تصميمات آن با تصويب اكثريت مطلق كل اعضاء قابل اجرا است . جلسات شورا حداقل هر دو ماه يكبار تشكيل ميشود و در صورت لزوم رئيس سازمان مي تواند با توافق اعضا جلسات فوق العاده تشكيل دهد. - وظايف شورا (اصلاحي 03ˏ06ˏ1366)
1
تصويب برنامه هاي دراز مدت و كوتاه مدت مربوط به وظايف سازمان ، اين برنامه ها از سوي رئيس سازمان براي تصويب به شورا پيشنهاد مي شود.
2
تصويب بودجه سازمان ، كه رئيس سازمان آن را براي تصويب به شورا پيشنهاد مي كند.
3
تصويب شرح وظايف تشكيلاتي و پرسنلي كاركنان و اعضاي واحدها و بخشهاي سازمان و همچنين تصويب آييننامه هاي مالي و اداري داخلي سازمان .
4
تصويب آييننامه هاي لازم جهت استفاده از خدمات متخصصان و دانشمنداني كه وضع آنها با ضوابط متداول استخدام كشوري تطبيق نمي كند.
5
تصميم گيري پيرامون مسائل مهمي كه رئيس سازمان ، به حكم ضرورت در شورا مطرح مي كند.
6
تعيين خط مشي اسلامي و سياست انقلاب فرهنگي در سازمان .
7
تاييد نهايي كتب و مآخذ و نوشته هاي علمي و تحقيقي كه در سازمان تهيه و تدوين مي شود.
8
بررسي و تصويب تشكيلات پيشنهادي از طرف رئيس سازمان و ارسال آن به وزارت فرهنگ و آموزش عالي جهت تصويب نهائي.
تبصره (اصلاحي 03ˏ06ˏ1366)
جهت اجراي اين بند سه نفر از ميان اعضاي شوراي سازمان و يا از آنها و غير آنها به پيشنهاد رئيس سازمان و تأييد شورايعالي انقلاب فرهنگي تعيين مي شود. ب - رئيس سازمان رئيس سازمان به پيشنهاد وزير فرهنگ و آموزش عالي و تصويب شورايعالي انقلاب فرهنگي به اين سمت منصوب مي شود و وظايف و اختياراتي به شرح زير دارد: 1 (اصلاحي 03ˏ06ˏ1366) - مراقبت بر حسن اجراي اساسنامه و آييننامه ها و مصوبات شوراي سازمان . 2 - تهيه وسائل و تجهيزات لازم براي اجراي برنامه ها و همچنين تهيه نيروي علمي انساني مورد نياز هر كدام از بخشها و كميته ها. 3 - نصب و عزل مسئولان هر كدام از بخشها و همچنين كاركنان سازمان ، معرفي مسئولان كميته ها به وزير فرهنگ و آموزش عالي جهت دادن حكم ، عزل مسئولان كميته ها. 4 - امضاي كليه قراردادها و اسناد حقوقي و مالي سازمان ، افتتاح حسابهاي بانكي ، معرفي امضاهاي مجاز و اجازه پرداختها. 5 (اصلاحي 03ˏ06ˏ1366) - تهيه برنامه هاي دراز مدت و كوتاه مدت ، تهيه آييننامه هاي مالي و اداري داخلي و تهيه فهرست بودجه سازمان و پيشنهاد آنها به شوراي سازمان . 6 (اصلاحي 03ˏ06ˏ1366) - رئيس سازمان با حق توكيل غير نماينده سازمان نزد كليه مراجع اعم از قضائي و كشوري و غيره مي باشد. 7 - تشكيل جلسات فوق العاده شورايعالي ، در صورت لزوم . 8 - رئيس سازمان معاون يا معاوناني خواهد داشت كه بخشي از مسئوليتهاي خود را به آنها واگذار خواهد نمود. حدود اين واگذاري در آييننامه اي تعيين خواهد شد.