فرمانده مركز بالاترين مقام اجرايي در مركز آموزش عالي علوم دريايي نداجا مي باشد و در چارچوب قوانين و مقررات كشوري و نظامي و مصوبات مراجع مندرج در ماده 6 اداره امور مركز را به عهده دارد. مسؤوليت حسن اجراي امور آموزشي و پژوهشي و انضباطي و اداري و مالي مركز با فرمانده مركز است .
ماده 7
از اساسنامه مركز آموزش عالي علوم دريائي نيروي دريائي جمهوري اسلامي ايران مصوب جلسات 48 مورخ 64/9/19 و 52 مورخ 64/10/17 و 54 مورخ 64/11/1 شوراي عالي انقلاب فرهنگي — مصوب 1364/11/01