سازمان، ماهيت فني و مشاورهاي دارد. هدف سازمان موارد زير است:
الف
ارتقاء استفاده از آبنگاري براي ايمني ناوبري و كليه مقاصد دريايي ديگر و افزايش آگاهي جهاني در مورد اهميت آبنگاري؛
ب
بهبود پوشش جهاني، قابليت دسترسي و كيفيت دادهها، اطلاعات، محصولات و خدمات آبنگاري و تسهيل دسترسي به چنين دادهها، اطلاعات، محصولات و خدماتي؛
پ
بهبود قابليت، ظرفيت، آموزش، دانش و فنون آبنگاري در سطح جهاني؛
ت
ايجاد و بهبود توسعه استانداردهاي بينالمللي مربوط به دادهها، اطلاعات، محصولات، خدمات و فنون آبنگاري و نيل به بيشترين يكنواختي ممكن در استفاده از اين استانداردها؛
ث
ارائه رهنمود معتبر و به هنگام در مورد كليه موضوعات آبنگاري به دولتها و سازمانهاي بينالمللي؛
ج
تسهيل هماهنگي فعاليتهاي آبنگاري در ميان دولتهاي عضو؛ و
چ
گسترش هماهنگي در مورد فعاليتهاي آبنگاري بين دولتها در سطح منطقهاي.