شورايعالي دانشگاه مركب از اعضاي زير است:
1
وزير فرهنگ و آموزش عالي.
2
رئيس دانشگاه بينالمللي اسلامي.
3
معاون فرهنگي وزارت امور خارجه.
4
معاون امور بينالملل وزارت ارشاد اسلامي.
5
معاون آموزشي دانشگاه.
6
معاون اداري و مالي دانشگاه.
7
دو نفر از مدرسان روحاني آگاه به مسائل اعتقادي و مباني استنباط به انتخاب فقهاي شوراي نگهبان.
8
يك تن از كارشناسان متعهد علوم تربيتي كه حداقل 5 سال سابقه تدريس دانشگاهي داشته و يا صاحب تأليفات معتبري در اين زمينه باشد، بهانتخاب وزير فرهنگ و آموزش عالي.
9
يك تن از اعضاي هيئت علمي اين دانشگاه كه در علوم تجربي (علوم پايه، پزشكي، فني و مهندسي) حداقل سه سال سابقه تدريس يا تحقيقدانشگاهي داشته باشد به انتخاب هيئت علمي و تصويب وزير فرهنگ و آموزش عالي.
10
يك تن از اعضاي هيئت علمي اين دانشگاه كه در علوم انساني حداقل سه سال سابقه تدريس يا تحقيق دانشگاهي داشته باشد به انتخاب هيئت علمي و تصويب وزير فرهنگ و آموزش عالي.