وظائف و اختيارات سازمان بشرح زير ميباشد: الف(اصلاحي 15ˏ07ˏ1393) - بازرسي و نظارت مستمر كليه وزارتخانها و ادارات و اموراداري و مالي دادگستري، سازمانها و دستگاههاي تابعه قوه قضائيه و نيروهاي نظامي و انتظامي و مؤسسات و شركتهاي دولتي و شهرداريها و مؤسسات وابسته بآنها و دفاتر اسناد رسمي و مؤسسات عام المنفعه و نهادهاي انقلابي و سازمانهائي كه تمام يا قسمتي از سرمايه يا سهام آنان متعلق بدولت است يا دولت بنحوي از انحاء بر آنها نظارت يا كمك مينمايد و كليه سازمانهائي كه شمول اين قانون نسبت به آنها مستلزم ذكر نام آنها است بر اساس برنامه منظم. ب(الحاقي 17ˏ04ˏ1387) - انجام بازرسي هاي فوق العاده بر حسب دستور شورايعالي قضائي و يا بدرخواست كميسيون اصل نود (90) قانون اساسي مجلس شوراي اسلامي و يا بنا به تقاضاي وزير يا مسئول دستگاههاي اجرائي ذيربط و يا هر مورد ديگري كه بنظر رئيس سازمان و شوراي عالي قضائي ضروري تشخيص داده شود. ج (الحاقي 17ˏ04ˏ1387) - اعلام موارد تخلف و نارساييها و سوء جريانات اداري و مالي در خصوص وزارتخانه ها و نهادهاي انقلاب اسلامي و بنيادها به رئيس جمهور و در خصوص مؤسسات و شركتهاي دولتي و وابسته به دولت به وزير ذيربط و در مورد شهرداريها و مؤسسات وابسته به وزير كشور و در خصوص مؤسسات غيردولتي كمك بگير از دولت به وزيرذي ربط و در خصوص سوء جريانات اداري و مالي مراجع قضايي و واحدهاي تابعه دادگستري به رئيس قوه قضائيه و در موارد ارجاعي كميسيون اصل نود (90) قانون اساسي نتيجه بازرسي به آن كميسيون اعلام خواهد شد. د (اصلاحي 15ˏ07ˏ1393) ـ در مواردي كه گزارش بازرسي متضمن اعلام وقوع جرمي است، چنانچه جرم داراي حيثيت عمومي باشد، رئيس سازمان يا مقامات مأذون از طرف وي يك نسخه از گزارش را با دلايل و مدارك مربوط براي تعقيب ومجازات مرتكب به مرجع صالح قضائي ارسال و موضوع را تا حصول نتيجه نهائي پيگيري نمايند و در مورد تخلفات اداري، انضباطي و انتظامي مستقيماً مراتب را به مراجع ذي ربط منعكس نموده و پيگيري لازم را به عمل آورند. مراجع رسيدگي كننده مكلفند وقت رسيدگي و جهت حضور را به اطلاع سازمان بازرسي كل كشور برسانند.
تبصره 1 (اصلاحي 15ˏ07ˏ1393)
در مورد جرائم منتهي به ورود خسارت به اموال دولتي و حقوق عمومي و تضييع آنها دادستان ضمن تعقيب كيفري متهم يا متهمان در دادگاه صالح در صورت احراز ورود خسارت و ضرر و زيان، رأساً جبران آن را بدون پرداخت هزينه دادرسي از دادگاه درخواست مي نمايد. دستگاههاي ذي ربط موظف به همكاري با دادستان در جمع آوري دلايل و مدارك و پيگيري موضوع مي باشند.
تبصره 2 (اصلاحي 15ˏ07ˏ1393)
گزارش هاي بازرسي در ارتباط با آيين نامه و تصويبنامه و بخشنامه و دستورالعمل هاي صادره و شكايات اشخاص حقيقي و حقوقي غيردولتي كه حاكي از تشخيص تخلف در موارد فوق الذكر باشد جهت رسيدگي و صدور رأي به ديوان عدالت اداري ارسال مي گردد. رسيدگي به اينگونه موارد به طور فوق العاده و خارج از نوبت خواهد بود. ه(اصلاحي 15ˏ07ˏ1393) ـ ـ در مواردي كه گزارش بازرسي متضمن اعلام تخلف اداري مديران كل ادارات و مقامات بالاتر تا سطح وزراء و همتراز آنان است كه مشمول قانون رسيدگي به تخلفات اداري هستند، سازمان گزارش را براي رسيدگي به هيأت رسيدگي به تخلفات اداري نهاد رياست جمهوري ارسال و تا حصول نتيجه پيگيري مي كند. در خصوص پرونده هاي مطروحه در رابطه با مقامات فوق، هيأت رسيدگي بدوي و تجديدنظر مزبور با عضويت يك نفر از قضات منصوب رئيس قوه قضائيه تشكيل مي شود و خارج از نوبت طبق قانون رسيدگي به تخلفات اداري به موضوع رسيدگي مي كند. رئيس هيأت موظف است ضمن نظارت بر ثبت پرونده و تعيين اوقات رسيدگي، مراتب را به عضو قاضي و نماينده سازمان جهت حضور اعلام نمايد. تبصره (اصلاحي 15ˏ07ˏ1393) ـ رسيدگي به تخلفات مقامات و كاركنان قواي قضائيه و مقننه، نيروهاي مسلح، شوراي نگهبان و دستگاههاي زير نظر مقام معظم رهبري از شمول اين بند مستثني است. و (الحاقي 15ˏ07ˏ1393) ـ سازمان مجاز است در نظارت و بازرسي از نيروهاي نظامي، انتظامي، امنيتي و شركتها و مؤسسات تابعه از نيروهاي بازنشسته واجد شرايط و متخصص مراجع مذكور استفاده كند. آيين نامه اجرائي اين بند با پيشنهاد سازمان به تصويب رئيس قوه قضائيه مي رسد.