رئيس سازمان توسط شوراي عالي قضائي از ميان قضات شرع و يا قضاتي كه داراي رتبه 10 يا 11 قضائي باشند تعيين ميشود. رئيس سازمان ميتواند يك نفر قائم مقام براي خود از ميان قضات با صلاحيت انتخاب كند كه با پيشنهاد او و تصويب شوراي عالي قضائي تعيين ميگردد و همچنين ميتواند به تعداد لازم معاون داشته باشد.
ماده 4
از قانون تشكيل سازمان بازرسي كل كشور — مصوب 1360/07/19