وظايف سازمان بقرار زير است:
الف
توسعه و گسترش علوم و فنون اتمي در كشور و ايجاد زيربناي علمي و فني لازم براي استفاده از علوم و فنون اتمي در برنامه هاي توسعه و تحول كشور.
ب
انجام مطالعات و تحقيقات لازم در زمينه هاي مربوط بعلوم و فنون اتمي.
ج
اهتمام در كاربرد علوم و فنون اتمي در صنايع و كشاورزي و خدمات.
د
ايجاد خدمات فني مورد نياز كشور در زمينه علوم و فنون اتمي.
ه
- انجام بررسيها و عمليات اكتشافي براي تعيين منابع مواد اوليه صنايع اتمي از قبيل سوخت اتمي و مواد راديواكتيو و بهره برداري از اين منابع از طريق استخراج و تخليص و استفاده از مواد مزبور در صنايع و نيروگاهها و كارخانه ها و تأسيسات مختلف اتمي كشور. سازمان موظف است اهتمام خود را براي تأمين سوخت اتمي و ساير مواد اصلي مورد نياز صنايع اتمي كشور با توجه به نيازهاي آينده بكار ببرد.
و
ايجاد نيروگاههاي اتمي و بهره برداري از آنها براي كمك بتأمين نيروي برق مورد نياز كشور.
ز
ايجاد تأسيسات شيرين كردن آب شور و بهره برداري از آنها براي كمك به تأمين آب مورد نياز كشور.
ح
توليد و توزيع راديو ايزوتوپها و ساير مواد و تجهيزات مورد نياز براي كاربرد علوم و فنون اتمي در كشور.
ط
ايجاد هم آهنگي و نظارت بر امور مربوط به علوم و فنون اتمي در كشور كه بوسيله ساير مؤسسات اعم از دولتي و يا وابسته بدولت و يا غيردولتي انجام ميشود و تنظيم مقررات و ضوابط و آئين نامه هاي مربوط و پيشنهاد آن بمراجع ذيصلاح قانوني براي تصويب. ي - ايجاد ارتباط با مراجع بين المللي و يا كشورهاي خارج در زمينه علوم و فنون و صنايع اتمي بنام دولت ايران. نمايندگي دولت ايران در آژانس بين المللي انرژي اتمي بعهده سازمان خواهد بود. ك - انجام تحقيقات مربوط باستفاده از منابع انرژي موجود در طبيعت كه مورد بهره برداري قرار نگرفته اند و اهتمام در استفاده از تجربيات ساير كشورها در اين زمينه از طريق ايجاد ارتباط لازم.