رياست شوراي عالي آموزش و پرورش با رئيس جمهور است و در غياب وي وزير آموزش و پرورش رياست جلسه را برعهده خواهد داشت. نايب رئيس شورا ازبين اعضاء براي مدت دو سال تعيين ميشود.
تبصره (اصلاحي 29ˏ07ˏ1381)
براي انتخاب نايب رئيس شورايعالي آموزش و پرورش حداقل رأي دوسوم اعضاي رسمي شوري ضروري است و هرگاه در نوبت اول و دوم رأي گيري اين اكثريت حاصل نگرديد در نوبت سوم رأي اكثريت نسبي اعضاي رسمي ملاك عمل انتخاب خواهد بود.