احكام دادگاه هاي ويژه روحانيت از سوي محكوم عليه يا شاكي يا قائم مقام قانوني آنان قابل اعتراض است و در صورت عدم اعتراض در فرجه قانوني قطعي خواهد شد.
تبصره 1 (الحاقي 05ˏ09ˏ1384)
چنانچه دادستان كل ويژه روحانيت احكام قطعي يا غير قطعي دادگاه ويژه روحانيت را خلاف شرع يا قانون بداند نسبت به رأي صادره اعتراض نموده و عنداللزوم حكم را متوقف مي كند و پرونده را جهت رسيدگي به دادگاه تجديدنظر ارسال مي نمايد.
تبصره 2 (الحاقي 05ˏ09ˏ1384)
چنانچه دادستان مجري حكم رأي صادره را خلاف موازين تشخيص دهد بدواً اعتراض خود را به قاضي صادر كننده تذكر مي دهد. در صورت عدم قبول قاضي، پرونده را همراه با نظريه مستدل نزد دادستان منصوب ارسال مي نمايد و دادستان منصوب برابر تبصره يك اقدام خواهد كرد.
تبصره 3 (الحاقي 05ˏ09ˏ1384)
چنانچه متعاقب اعتراض محكوم عليه يا شاكي يا تذكر دادستان كل ويژه روحانيت يا دادستان مجري حكم، قاضي دادگاه ويژه روحانيت متوجه اشتباه خود در حكم صادره شود، در صورتي كه موضوع از مصاديق بند ب ماده 49 اصلاحي باشد رأي اصلاحي صادر مي نمايد و در غير اينصورت پس از نقض حكم، پرونده را جهت رسيدگي توسط شعبه ديگر به دفتر دادگاه هاي ويژه روحانيت اعاده مي نمايد.