ارگان:
1
نمايندة مقام معظم رهبري كه بالاترين مقام اتحاديه ميباشد نظارت عاليه بر اين نهاد از طريق ايشان اعمال ميشود.
2
كنگره كه عاليترين ركن تشكل دانشآموزي در اتحاديه است و متشكل از اعضاي منتخب انجمنهاي اسلامي دانشآموزان سراسر كشور ميباشد، هر دو سال يكبار تشكيل و ضمن استماع گزارش عملكرد دورة قبل، اعضاي شوراي مركزي را انتخاب ميكند.
3
شوراي مركزي عاليترين مرجع سياستگذاري، برنامهريزي و نظارت و ارزيابي در اتحاديه است و متشكل از 1نفر به انتخاب نمايندة مقام معظم رهبري، دبير شوراي عالي جوانان، نمايندة وزير آموزش و پرورش، سرپرست اتحاديه و 5 نفر منتخبين كنگره كه 2 نفر آنها از بين دانشآموزان انتخاب ميشوند.
تبصره 1
تعيين صلاحيت نامزدهاي (كانديداها) شوراي مركزي و نظارت بر انتخابات اعضاي منتخب كنگره به عهدة 3نفر اعضاي رديفهاي اول شوراي مركزي است.
تبصره 2
سرپرست اتحاديه كه اجراي سياستها و برنامههاي شوراي مركزي را بر عهده دارد از سوي شوراي مركزي انتخاب و حكم وي توسط نمايندة مقام معظم رهبري و در غياب ايشان مرجعي كه شوراي عالي انقلاب فرهنگي مشخص ميكند تنفيذ ميشود.
تبصره 3
آييننامههاي داخلي و دستورالعملهاي مورد نياز براي اجراي وظايف اتحاديه در چارچوب اين اساسنامه به تصويب شوراي مركزي اتحاديه خواهد رسيد.
تبصره 4
مؤسسات و نشريات وابسته به اتحاديه بنا به ضرورت، تشكيل و به ثبت ميرسد و مقررات داخلي آنها در چهارچوب قانون تابع آييننامة مصوب شوراي مركزي است.