تركيب هيأت امناء الف : اعضاي حقوقي 1 ـ رئيس جمهور (رئيس هيئت امناء). 2(اصلاحي 23ˏ08ˏ1385) - معاون اول رئيس جمهور. 3(اصلاحي 23ˏ08ˏ1385) -معاون رئيس جمهور و رئيس بنياد. 4 ـ وزير علوم، تحقيقات و فناوري. 5 ـ وزير بهداشت، درمان و آموزش پزشكي. 6 ـ وزير فرهنگ و ارشاد اسلامي. 7 ـ وزير آموزش و پرورش. 8 ـ رئيس سازمان مديريت و برنامه ريزي كشور. 9 ـ رئيس كميسيون آموزش و تحقيقات مجلس شوراي اسلامي. 10 ـ رئيس نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاهها. 11 ـ رئيس جهاد دانشگاهي. 12 ـ رئيس دانشگاه آزاد اسلامي.
تبصره 1
براي پيشبرد اهداف بنياد، قائم مقام رئيس بنياد طبق ضوابط تصويب شده توسط هيأت امناء و با رعايت شرايط مندرج در ماده 10 اساسنامه منصوب مي شود.
تبصره 2
احكام اعضاي فوق الذكر توسط رئيس هيئت امناء صادر خواهد شد. ب (اصلاحي 20ˏ04ˏ1385) - اعضاي حقيقي : نه نفر از شخصيت هاي خبره و نخبه علمي كشور به عنوان اعضاي حقيقي كه دو نفر از آنها از علماي برجسته حوزه هاي علميه به انتخاب شوراي عالي حوزه علميه قم و دو نفر از بانوان نخبه علمي كشور مي باشند.
تبصره 3
احكام اعضاي فوق الذكر به پيشنهاد رئيس بنياد و با حكم رئيس هيئت امناء صادر خواهد شد.