سرمايه سازمان معادل پنجاه ميليون ريال ميباشد كه به پانصد سهم با نام يكصد هزار ريالي تقسيم شده است و تماماً متعلق به دولت ميباشد. سرمايه سازمان از محل صرفه جوئي اعتبارات جاري وزارت امور اقتصادي و دارائي قابل تأمين و پرداخت است.
تبصره
ارزش ويژه (اموال و دارائيها و مطالبات به كسر بدهيها به ارزش دفتري) دستگاههاي حسابرسي دولتي يا وابسته به دولت موضوع تبصرة 5 ماده واحده قانون تشكيل سازمان حسابرسي پس از تصويب مجمع عمومي سازمان به حساب افزايش سرمايه سازمان منظور خواهد شد.