رياست عاليه جامعه با فقيه عهده دار رهبري جمهوري اسلامي ايران است و تصويب اساسنامه، انتخاب اعضاي هيأت امنا، نصب و عزل رئيس جامعه، ارائه رهنمودهاي اساسي و انحلال جامعه توسط معظم له صورت مي پذيرد.
ماده 11
از اساسنامه نهاد علمي و آموزشي جامعه المصطفي العالميه — مصوب 1387/08/21