هيئت امناء به عنوان عالي ترين مرجع سياستگذاري جهاد متشكل از اين افراد است:
1
رئيس جهاد دانشگاهي (رئيس هيئت امناء).
2
وزير فرهنگ و آموزش عالي يا نماينده ايشان.
3
وزير بهداشت، درمان و آموزش پزشكي يا نماينده ايشان.
4
رئيس سازمان برنامه و بودجه يا نماينده ايشان.
5
دبير شوراي عالي انقلاب فرهنگي.
6
رئيس نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاهها يا يكي از اعضاي شوراي نمايندگان مقام معظم رهبري در دانشگاهها به انتخاب آن شورا.
7
سه نفر از شخصيتهاي علمي، فرهنگي و اجتماعي يا اعضاي هيئت علمي جهاد دانشگاهي به پيشنهاد رئيس جهاد دانشگاهي و بر اساس ماده 2 اصلاحي قانون تشكيل هيئتهاي امناء دانشگاهها.
تبصره
احكام اعضاي هيئت امنا از سوي رئيس شوراي عالي انقلاب فرهنگي و به مدت چهار سال صادر خواهد شد. رييس جمهور و رييس شوراي عالي انقلاب فرهنگي - سيد محمد خاتمي