به منظور ساماندهي مناطق آزاد و ويژه اقتصادي و ايفاي نقش مؤثر آنها در تحقق اهداف سند چشم انداز بيست ساله نظام، اعمال مديريت يكپارچه و ايجاد رشد اقتصادي مناسب در اين مناطق، هم پيوندي و تعامل اثرگذار اقتصاد ملي با اقتصاد جهاني و ارائه الگوي توسعه ملي در بخشهاي مختلف: الف - مديران سازمان هاي مناطق آزاد به نمايندگي از طرف دولت، بالاترين مقام منطقه محسوب مي شوند و كليه وظايف، اختيارات و مسؤوليت هاي دستگاههاي اجرائي دولتي مستقر در اين مناطق به استثناي نهادهاي دفاعي و امنيتي به عهده آنها است. سازمان هاي مناطق آزاد منحصراً براساس قانون چگونگي اداره مناطق آزاد تجاري - صنعتي و اصلاحات بعدي آن و قانون كار اداره مي شوند.
تبصره ۱
واگذاري وظايف، اختيارات و مسؤوليت هاي دستگاههاي تحت نظر مقام معظم رهبري، با موافقت ايشان صورت مي پذيرد.
تبصره ۲
اختيارات فرماندار در مورد مصوبات شوراهاي اسلامي شهر و روستا در مناطق آزاد به مدير سازمان منطقه آزاد واگذار مي شود. ب - كالاهاي توليد و يا پردازش شده در مناطق آزاد و ويژه اقتصادي به هنگام ورود به ساير نقاط كشور به نسبت مجموع ارزش افزوده و ارزش مواد اوليه و قطعات داخلي به كار رفته در آن، توليد داخلي محسوب و از پرداخت حقوق ورودي معاف است.
تبصره ۱
مواد اوليه و كالاهاي واسطه اي خارجي به كار رفته در توليد، مشروط به پرداخت حقوق ورودي، در حكم مواد اوليه و كالاي داخلي محسوب مي شود.
تبصره ۲
مواد اوليه و قطعات خارجي به كار رفته در كالاهاي توليد و يا پردازش شده در مناطق آزاد و ويژه اقتصادي كه در گذشته از ساير مناطق كشور به منطقه ارسال شده و در توليد و يا پردازش محصولي كه به كشور وارد مي شود، به كار گرفته شود در حكم مواد اوليه تلقي مي شود و از پرداخت حقوق ورودي معاف است. پ - هزينه هاي بندري مربوط كه طبق قوانين جاري از كشتيها و شناورها بابت خدمات بندري دريافت مي شود در صورتي كه اين بنادر توسط بخشهاي خصوصي، تعاوني و مناطق آزاد تجاري - صنعتي در محدوده مناطق آزاد ايجاد شده باشند، توسط سازمان هاي مناطق آزاد مربوطه أخذ مي شود. مناطق آزاد مجازند نسبت به ثبت و ترخيص كشتيها طبق قوانين جاري و بين المللي اقدام كنند. ت - مبادلات كالا بين مناطق آزاد و خارج از كشور و نيز ساير مناطق آزاد از كليه عوارض (به استثناي عوارض موضوع ماده (۱۰) قانون چگونگي اداره مناطق آزاد تجاري - صنعتي جمهوري اسلامي ايران مصوب 7 /6 /1372)، ماليات و حقوق ورودي معاف مي باشند. ث - به منظور گسترش ارتباطات علمي با مراكز و نهادهاي آموزشي و تحقيقاتي معتبر بين المللي، ايجاد نمايندگي دانشگاههاي داخلي و معتبر خارجي بر طبق اعلام وزارتخانه هاي ذي ربط و تأسيس دانشگاههاي خصوصي در مناطق آزاد تجاري - صنعتي و ويژه اقتصادي با رعايت قوانين مربوط مجاز است. ج - محدوده آبي مناطق آزاد تجاري - صنعتي با رعايت ملاحظات امنيتي و دفاعي كه به تأييد ستاد كل نيروهاي مسلح مي رسد به فاصله هشتصد متر از قلمرو خاكي مناطق آزاد تعيين مي شود و از امتيازات قانون چگونگي اداره مناطق آزاد تجاري - صنعتي ايران مصوب 7 /6 /1372 و اصلاحات بعدي آن برخوردار است. چ - به منظور زدودن فقر از چهره مناطق آزاد تجاري، سازمان هاي مناطق آزاد موظفند حداقل يك درصد (1 %) از محل وصول عوارض ورود و صدور كالاها و خدمات اين مناطق را از طريق نهادهاي حمايتي به محرومان و نيازمندان بومي اين مناطق اختصاص دهند.