به منظور ساماندهي مناطق آزاد و ويژه اقتصادي و ايفاء نقش مؤثر آنها در تحقق اهداف سند چشم‌انداز بيست ساله نظام، اعمال مديريت يكپارچه و ايجاد رشد اقتصادي مناسب در اين مناطق، هم‌پيوندي و تعامل اثرگذار اقتصاد ملي با اقتصاد جهاني و ارائه الگوي توسعه ملي در بخش هاي مختلف: الف ـ مديران سازمان هاي مناطق آزاد به نمايندگي از طرف دولت، بالاترين مقام منطقه محسوب مي‌شوند و كليه وظايف، اختيارات و مسؤوليت هاي دستگاه هاي اجرائي دولتي مستقر در اين مناطق به استثناء نهادهاي دفاعي و امنيتي به عهده آنها است. سازمان هاي مناطق آزاد منحصراً براساس قانون چگونگي اداره مناطق آزاد تجاري ـ صنعتي و اصلاحات بعدي آن و قانون كار اداره مي‌شوند.
تبصره 1
واگذاري وظايف، اختيارات و مسؤوليت هاي دستگاه هاي تحت نظر مقام معظم رهبري، با موافقت ايشان صورت مي‌پذيرد. تبصره 2(منسوخه 10ˏ11ˏ1400) ـ اختيارات فرماندار در مورد مصوبات شوراهاي اسلامي شهر و روستا در مناطق آزاد به مدير سازمان منطقه آزاد واگذار مي‌شود. ب ـ كالاهاي توليد و يا پردازش شده در مناطق آزاد و ويژه اقتصادي به هنگام ورود به ساير نقاط كشور به نسبت مجموع ارزش افزوده و ارزش مواد اوليه و قطعات داخلي به‌كار رفته در آن، توليد داخلي محسوب و از پرداخت حقوق ورودي معاف است.
تبصره 1
مواد اوليه و كالاهاي واسطه‌اي خارجي به كار رفته در توليد، مشروط به‌پرداخت حقوق ورودي، در حكم مواد اوليه و كالاهاي داخلي محسوب مي‌شود.
تبصره 2
مواد اولـيه و قطعات خارجـي به كار رفته در كالاهـاي توليد و يا پردازش‌شده در مناطق آزاد و ويژه اقتصادي كه در گذشته از ساير نقاط كشور به منطقه ارسال‌شده و در توليد و يا پردازش محصولي كه به كشور وارد مي‌شود، به كار گرفته شود در حكم مواد اوليه تلقي مي‌گردد و از پرداخت حقوق ورودي معاف است. ج ـ هزينه‌هاي بندري مربوط كه طبق قوانين جاري از كشتي ها و شناورها بابت خدمات بندري دريافت مي‌شود در صورتي كه اين بنادر توسط بخش هاي خصوصي، تعاوني و مناطق آزاد تجاري ـ صنعتي در محدوده منطقه آزاد ايجاد شده باشند، توسط سازمان هاي مناطق آزاد مربوطه اخذ مي‌گردد. مناطق آزاد مجازند نسبت به ثبت و ترخيص كشتي ها طبق قوانين جاري و بين‌المللي اقدام نمايند. د ـ مبادلات كالا بين مناطق آزاد و خارج از كشور و نيز ساير مناطق آزاد از كليه عوارض (به استثناء عوارض موضوع ماده (10) قانون چگونگي اداره مناطق آزاد تجاري ـ صنعتي جمهوري اسلامي ايران مصوب 7/6/1372)، ماليات و حقوق ورودي معاف مي‌باشند. ه ـ ـ به منظور گسترش ارتباطات علمي با مراكز و نهادهاي آموزشي و تحقيقاتي معتبر بين‌المللي، ايجاد نمايندگي دانشگاه هاي داخلي و معتبر خارجي بر طبق اعلام وزارتخانه‌هاي ذي‌ربط و تأسيس دانشگاه هاي خصوصي در مناطق آزاد تجاري ـ صنعتي و ويژه اقتصادي با رعايت قوانين مربوط مجاز است. و ـ محدوده آبي مناطق آزاد تجاري ـ صنعتي با رعايت ملاحظات امنيتي و دفاعي كه به تأييد ستاد كل مي‌رسد به فاصله هشتصد متر از قلمرو خاكي مناطق آزاد تعيين مي‌گردد و از امتيازات قانون « چگونگي اداره مناطق آزاد تجاري ـ صنعتي ايران» مصوب 7/6/1372 و اصلاحات بعدي آن برخوردار است. ز - به منظور زدودن فقر از چهره مناطق آزاد تجاري، سازمانهاي مناطق آزاد موظفند حداقل يك‌درصد (1%) از محل وصول عوارض ورود و صدور كالاها و خدمات اين مناطق را از طريق نهادهاي حمايتي به محرومين و نيازمندان بومي اين مناطق اختصاص دهند. بيمه‌هاي بازرگاني