سازمان از پرداخت هرگونه ماليات و عوارض اعم از نوسازي و غيره و پرداخت هزينه تمبر دعاوي معاف است، همچنين سازمان و سازمان تأمين خدمات درماني از پرداخت حقوق و عوارض گمركي آن قسمت از داروها و تجهيزات و لوازم بيمارستانها و درمانگاهها كه معافيت آنها قبلا مورد تأييد وزارت امور اقتصادي و دارائي قرار گرفته است معاف خواهد بود.