اهداف سازمان عبارتند از:
1
تلاش در جهت تحقق بخشيدن به ارزشهاي عاليه اسلام در كليه امور پزشكي.
2
تلاش در جهت ارتقاء سطح دانش پزشكي.
3
تلاش در جهت حفظ و حمايت از حقوق بيماران در برابر شاغلان حرف پزشكي.
4
حفظ و حمايت از حقوق صنفي شاغلان حرف پزشكي.
5
تلاش در جهت پيشبرد و اصلاح امور پزشكي.
6
تلاش در جهت همكاري هر چه بيشتر شاغلين حرف پزشكي با دستگاههاي اجرائي دولتي در رفع محروميتهاي بهداشتي درماني.
7
تلاش در جهت حسن اجراي موازين و مقررات و قوانين مربوط به امور پزشكي.