هيأت وزيران در اجراي اين قانون، مسؤوليتهاي زير را نيز بر عهده دارد: الف - تعيين و يا تغيير سازمان مسؤول منطقه اعم از دولتي و غير دولتي. ب - نظارت بر فعاليتهاي مناطق در چارچوب برنامهها و اهداف آنها.
تبصره 1
هيأت وزيران ميتواند در صورت نياز، سازماني دولتي را به منظور اداره منطقه ويژه ايجاد نمايد. اساسنامه اين سازمانها بنا به پيشنهاد دبيرخانه به تصويب هيأت وزيران ميرسد.
تبصره 2
تعيين سازمان مسؤول منطقه از بين اشخاص حقوقي غير دولتي منوط به تملك (يا واگذاري رسمي دستگاههاي دولتي ذيربط) و تصرف اراضي واقع در محدوده منطقه ويژه مورد نظر توسط اشخاص حقوقي غير دولتي، قبل از صدور مجوز هيأت وزيران ميباشد. ضابطه تغيير سازمان مسؤول منطقه در چنين صورتي تابع قراردادي ميباشد كه با رعايت اين قانون فيمابين دبير خانه و سازمان منعقد ميشود.