سقط جنين ممنوع بوده و از جرائم داراي جنبه عمومي مي باشد و مطابق مواد (۷۱۶) تا (۷۲۰) قانون مجازات اسلامي و مواد اين قانون، مستوجب مجازات ديه، حبس و ابطال پروانه پزشكي است. مادر صرفاً در مواردي كه احتمال بدهد شرايط زير محقق مي شود، مي تواند درخواست سقط جنين را به مراكز پزشكي قانوني تقديم نمايد. كليه مراكز پزشكي قانوني در مراكز استان ها مكلفند درخواست هاي واصله را فوراً به كميسيون سقط قانوني ارجاع نمايند. اين كميسيون مركب از يك قاضي ويژه، يك پزشك متخصص متعهد و يك متخصص پزشك قانوني در استخدام سازمان پزشكي قانوني، حداكثر ظرف يك هفته تشكيل مي شود. رأي لازم توسط قاضي عضو كميسيون با رعايت اصل عدم جواز سقط در موارد ترديد صادر مي گردد. قاضي عضو در كميسيون مذكور با حصول اطمينان نسبت به يكي از موارد ذيل مجوز سقط قانوني را با اعتبار حداكثر پانزده روزه صادر مي نمايد: الف ـ در صورتي كه جان مادر به شكل جدي در خطر باشد و راه نجات مادر منحصر در سقط جنين بوده و سن جنين كمتر از چهار ماه باشد و نشانه ها و امارات ولوج روح در جنين نباشد، ب ـ در مواردي كه اگر جنين سقط نشود مادر و جنين هر دو فوت مي كنند و راه نجات مادر منحصر در اسقاط جنين است، ج ـ چنانچه پس از اخذ اظهارات ولي، جميع شرايط زير احراز شود: ـ رضايت مادر ـ وجود حرج (مشقت شديد غيرقابل تحمل) براي مادر ـ وجود قطعي ناهنجاري هاي جنيني غيرقابل درمان، در مواردي كه حرج مربوط به بيماري يا نقص در جنين است ـ فقدان امكان جبران و جايگزيني براي حرج مادر ـ فقدان نشانه ها و امارات ولوج روح ـ كمتر از چهار ماه بودن سن جنين.
تبصره 1
رأي صادره ظرف يك هفته قابل اعتراض در شعبه يا شعب اختصاصي دادگاه تجديدنظر، به رياست قاضي يا قضات ويژه منصوب رئيس قوه قضائيه در اين امر مي باشد و دادگاه مذكور حداكثر بايد ظرف يك هفته تصميم خود را اعلام كند.
تبصره 2
بيمارستانهاي مورد تأييد پزشكي قانوني موظفند در موارد مجاز سقط، منحصراً پس از دستور قاضي و احراز عدم امارات و نشانه هاي ولوج روح، سقط جنين را اجراء كنند و اطلاعات مربوط را با رعايت اصول محرمانگي در پرونده الكترونيك سلامت بيمار و يا سامانه ماده (۵۴) اين قانون ثبت و بارگذاري نمايند.
تبصره 3
سازمان پزشكي قانوني اطلاعات مربوط به كليه مراحل درخواست سقط تا نتيجه آن، اعم از دلايل درخواست دهنده، اعضاي كميسيون، صدور يا عدم صدور مجوز و دليل صدور مجوز را با رعايت اصول محرمانگي، در پرونده الكترونيك سلامت بيمار و يا سامانه ماده (۵۴) اين قانون ثبت و بارگذاري مي كند و اطلاعات آن را هر سال در اختيار مجلس شوراي اسلامي و شوراي عالي انقلاب فرهنگي قرار مي دهد.
تبصره 4
چنانچه پزشك يا ماما يا دارو فروش، خارج از مراحل اين ماده وسايل سقط جنين را فراهم سازند يا مباشرت به سقط جنين نمايند علاوه بر مجازات مقرر در ماده (۶۲۴) قانون مجازات اسلامي (كتاب پنجم ـ تعزيرات و مجازات هاي بازدارنده)، پروانه فعاليت ايشان ابطال مي شود. تحقق اين جرم نيازمند تكرار نيست.