۱ ـ دبيرخانه كارگروه بين المللي پزشكي نظامي متشكل از دبيركل، معاون دبيركل و تعدادي كاركنان دائمي است. براي نيازهاي فوري دبيرخانه، دبيركل از چند كارمند متخصص براي كمك به دبيرخانه دعوت به همكاري مي كند. ۲ ـ وظايف دبيرخانه عبارتند از:
الف
اجراي وظايف مديريتي و اجرايي با مسئوليت دبيركل
ب
متمركز ساختن و انتشار اطلاعات پزشكي ـ نظامي
پ
نظارت و انتشار نشريه مرور بين المللي خدمات پزشكي نيروهاي مسلح
ت
ترغيب برگزاري روزهاي پزشكي، هم انديشيها، نشست هاي پژوهشي بين المللي و دوره هاي پيشرفته بينالمللي براي افسران جوان بخش هاي خدمات پزشكي نيروهاي مسلح
ث
ترغيب برگزاري يا حمايت از ساير دوره هاي آموزش مورد نياز پزشكي نظامي تصويب شده از سوي كارگروه بين المللي پزشكي نظامي دبيرخانه همچنين مسئول حفظ استمرار فعاليت هاي مندرج در مواد (۲) و (۴) اساسنامه است. به همين منظور دبيرخانه از طريق كميسيون ها و گروه هاي كاري و تحقيقات، هرگونه پژوهش مورد درخواست اعضاي كارگروه يا سازمان هاي فعال و همكار در حوزه بشر دوستانه و سطوح علمي و فني را اجراء ميكند.