فرايند كلي ثبت معاملات و محاسبه ماليات بر ارزش افزوده در سامانه مؤديان به صورت زير است: الف - صورتحساب الكترونيكي، توسط فروشنده از طريق سامانه مؤديان صادر مي شود. در مورد مؤدياني كه مستقيماً با مصرف كننده نهائي ارتباط دارند، عمليات ثبت فروش و صدور صورتحساب الكترونيكي، توسط پايانه فروشگاهي انجام مي شود. ب - در صورتي كه خريدار، مصرف كننده نهائي نبوده و خود عضو سامانه مؤديان باشد، صورتحساب الكترونيكي صادر شده توسط فروشنده، به صورت خودكار به كارپوشه وي در سامانه مؤديان منتقل مي شود و بهعنوان اعتبار مالياتي براي او منظور مي شود.
تبصره
مؤديان مالياتي مكلفند ظرف مدت سي روز از تاريخ درج صورتحساب الكترونيكي در كارپوشه مؤديان نسبت به اعلام پذيرش يا عدم پذيرش اين صورتحساب ها اقدام كنند. عدم اظهارنظر ظرف مدت مذكور به منزله تأييد صورتحساب مربوط مي باشد. پ - در پايان هر دوره سه ماهه، بدهي ماليات بر ارزش افزوده مؤدي كه عبارت است از ما به التفاوت ماليات فروش و ماليات خريد (اعتبار مالياتي) وي در طول دوره، طبق مقررات توسط سامانه محاسبه مي شود. در صورتي كه ماليات فروش مؤدي بيشتر از ماليات خريد (اعتبار مالياتي) وي باشد، مؤدي موظف است ما به التفاوت را به ترتيبي كه سازمان مقرر مي كند، به حساب سازمان واريز كند. متقابلاً در صورتي كه ماليات فروش مؤدي كمتر از ماليات خريد (اعتبار مالياتي) وي باشد، سازمان موظف است با رعايت ترتيبات قانوني مربوطه ما به التفاوت را به مؤدي مسترد كند. ت (اصلاحي 08ˏ04ˏ1404) - پس از اتمام مواعيد مقرر در ماده (3) اين قانون، مأموران مالياتي جز در مواردي كه در اين قانون اجازه داده شده، نبايد در تشخيص بدهي ماليات بر ارزش افزوده مؤديان دخالت كنند. ث - به منظور تكميل اطلاعات سازمان در خصوص مؤدياني كه عضو سامانه مؤديان نبوده يا بدون صدور صورتحساب الكترونيكي اقدام به فروش مي كنند، سامانه مؤديان بايد به گونه اي طراحي شود كه مؤدي بتواند خريدهاي خود را كه فروشنده براي آنها صورتحساب الكترونيكي صادر نكرده است، به سازمان اطلاع دهد.
تبصره 1 (اصلاحي 23ˏ08ˏ1402)
بانك مركزي جمهوري اسلامي ايران موظف است ظرف دو ماه، مطابق ساختار اعلامي توسط سازمان، به رسيد پرداخت صادر شده توسط دستگاههاي كارتخوان و گزارش الكترونيكي دريافتي از درگاههاي الكترونيكي پرداخت، شماره منحصر به فرد مالياتي تخصيص دهد و آن را در رسيد يا گزارش پرداخت مذكور درج نمايد. همچنين بانك مركزي موظف است اطلاعات رسيد يا گزارش پرداخت هر روز را حداكثر تا پايان روز بعد به سامانه مؤديان منتقل كند.
تبصره 2 (الحاقي 23ˏ08ˏ1402)
گمرك جمهوري اسلامي ايران موظف است امكان انتقال الكترونيكي و برخط اطلاعات ماليات بر ارزش افزوده پرداخت شده توسط واردكنندگان را به سامانه مؤديان از طريق مركز ملي تبادل اطلاعات فراهم كند.
تبصره 3 (الحاقي 23ˏ08ˏ1402)
كليه دستگاههاي اجرائي موضوع ماده (29) قانون برنامه پنجساله ششم توسعه اقتصادي، اجتماعي و فرهنگي جمهوري اسلامي ايران مصوب 1395/12/14 و ماده (5) قانون مديريت خدمات كشوري و سازمان هاي وابسته به آنها كه حسب مقررات قانوني متولي رصد و دريافت اطلاعات مربوط به جريان كالا و خدمات از مبادي توليد و واردات تا سطح خرده فروشي از طريق سامانه هاي دولتي از قبيل سامانه جامع تجارت ايران و سامانه ثبت الكترونيكي معاملات نفتي (ثامن) موضوع قانون مبارزه با قاچاق كالا و ارز مصوب 1392/10/3 با اصلاحات و الحاقات بعدي مي باشند، موظفند با رعايت الزامات صدور صورتحساب الكترونيكي موضوع اين قانون اطلاعات مذكور را به ترتيبي كه سازمان مقرر مي كند به سامانه مؤديان منتقل كنند. در اين صورت مؤديان تكليفي در خصوص ثبت مجدد اطلاعات يا صدور مجدد صورتحساب الكترونيكي معاملات مذكور ندارند.