سازمان توسط هيأت مديره متشكل از سه يا پنج نفر اداره خواهد شد. اعضاء هيأت مديره توسط هيأت وزيران انتخاب خواهند شد. مديرعامل سازمان كه رياست هيأت مديره را به عهده خواهد داشت، به موجب حكم رياست جمهوري و از ميان اعضاء هيأت مديره منصوب و بالاترين مقام اجرائي در زمينه هاي اقتصادي و زيربنائي منطقه مي باشد. انتخاب مديرعامل و اعضاي هيأت مديره براي مدت سه سال بوده و انتخاب مجدد آنان بلامانع است. عزل مديرعامل و اعضاء هيأت مديره با همان مراجع انتخاب كننده مي باشد. هيأت وزيران مسووليت و اختيار مجامع عمومي سازمان هر منطقه را به عهده دارد.
ماده 6
از قانون چگونگي اداره مناطق آزاد تجاري - صنعتي جمهوري اسلامي ايران — مصوب 1372/06/07