اركان فرهنگستان عبارت است از: ۱ - رئيس جمهور در مقام رياست عاليه فرهنگستان . ۲ (منسوخه 24ˏ08ˏ1373) - هيأت امناء. 3 - مجمع عمومي (متشكل از اعضاي علمي پيوسته). ۴ - رئيس فرهنگستان. ۵ - شوراي علمي (رئيس فرهنگستان و رؤساي گروههاي علمي). ۶ - دبير. 7 (الحاقي 21ˏ01ˏ1380) - هيئت امناي فرهنگستانهاي جمهوري اسلامي ايران 4 (جایگزین 1379/05/11) - تمامي فرهنگستانها يك هيئت امنا خواهند داشت. تركيب آن به اين شرح خواهد بود:
1
1 معاون اول رييس جمهور به عنوان رييس هيئت امنا.
2
1 وزراي علوم، تحقيقات و فنّاوري، بهداشت، درمان و آموزش پزشكي و فرهنگ و ارشاد اسلامي.
3
1 رؤساي فرهنگستانها.
4
1 دو نفر از دانشمندان و صاحبنظران به پيشنهاد رييس هر فرهنگستان.