هيئت امنا مركب از 7 عضو به شرح زير مي باشد: 1(اصلاحي 23ˏ08ˏ1400) - رئيس سازمان برنامه و بودجه كشور (رئيس هيئت امنا) 2(اصلاحي 23ˏ08ˏ1400) - يك نفر به انتخاب رئيس جمهور 3(اصلاحي 04ˏ08ˏ1392) - وزير علوم، تحقيقات و فناوري يا نماينده تام الاختيار ايشان 4(اصلاحي 04ˏ08ˏ1392) - رئيس مؤسسه (دبير هيئت امنا) 5(الحاقي 04ˏ08ˏ1392) - 3 نفر از پژوهشگران، متخصصين و اعضاي هيئت علمي دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالي كشور با پيشنهاد رئيس مؤسسه و حكم رئيس هيئت امنا براي مدت 4 سال، انتخاب مجدد اين افراد بلامانع است.
ماده 4(اصلاحي 04ˏ08ˏ1392) اصلاحی ۱۳۹۲/۰۸/۰۴
از اصلاح اساسنامه مؤسسه عالي آموزش و پژوهش مديريت و برنامه ريزي — مصوب 1391/08/07