ساختار سازمان عبارت است از: ۱ ـ ستاد مركزي سازمان كه در تهران مستقر است. ۲ ـ مركز تربيت مربي فني و حرفه اي ۳ ـ ادارات كل آموزش فني و حرفه اي استان ها ۴ ـ مراكز آموزش فني و حرفه اي ۵ ـ مراكز سنجش مهارت و تعيين صلاحيت حرفه اي
تبصره
سازمان مجاز است مراكز آموزش و سنجش مهارت خيّرساز را با رعايت موازين شرعي و مقتضاي وقف، وصيت يا عناوين مشابه آن و همچنين مراكز دولتي را بر اساس شاخصهاي آموزش فني و حرفه اي، نيروي انساني، فضا و تجهيزات و اداري و مالي رتبه بندي و به صورت هيأت امنائي اداره و بر آنها نظارت نمايد. اعضاي هيأت امنا كه توسط رئيس سازمان، تعيين و منصوب مي شوند عبارتند از:
۱
رئيس مركز
۲
يك نفر از مربيان مركز
۳
يك نفر از اتاق بازرگاني شهرستان ذي ربط
۴
يك نفر از اتاق اصناف شهرستان ذي ربط
۵
يك نفر خبره آموزش هاي فني و حرفه اي
۶
دو نفر از خيّرين (در مراكز خيّرساز) تدوين و تصويب برنامه و بودجه سالانه، نظارت بر هزينه كردها و تصويب صورتهاي مالي، تعيين حسابرس و خزانه دار و جذب و قبول كمك اشخاص حقيقي و حقوقي در چهارچوب قوانين و مقررات از وظايف هيات امناء مي باشد. تصميمات هيات امناء بعد از تأييد مديركل آموزش فني و حرفه اي استان ذي ربط، لازم الاجراست.