وظايف و اختيارات رئيس سازمان به اين شرح است: 1 - پيشنهاد سياستها و راهبردهاي كلي سازمان به هيأت امناء جهت بررسي و تصويب. 2 - تهيه و تدوين برنامه، بودجه و گزارش سالانه عملكرد سازمان و ارائه آن به هيأتامناء. 3 - تهيه دستورالعملهاي لازم درجهت اجراي مصوبات و تصميمات هيأت امناء سازمان. 4 - تهيه و تنظيم آئيننامههاي مالي، معاملاتي، اداري و ساير آئيننامههاي مورد نياز درچارچوب قوانين و مقررات و پيشنهاد آن به هيأت امناء. 5 - ارائه پيشنهاد درخصوص صلح دعاوي، ارجاع امر به داوري و تعيين داور به هيأتامناء با رعايت قوانين و مقررات كشور. 6 - اعمال نظارتهاي اداري، مالي و حسابرسي نسبت به كليه امور اجرايي. 7 - پيشنهاد طرح تشكيلات و جدولهاي سازمان و اصلاحيههاي بعدي آن جهت سير مراحل بررسي و تصويب. 8 - نصب، عزل و پرداخت حقوق، مزايا و پاداش به كاركنان سازمان با رعايت مقررات مربوط. 9 - نمايندگي سازمان در كليه مراجع قضايي و غيرقضايي داخلي، دولتي و غيردولتي و مؤسسات و ساير اشخاص حقيقي و حقوقي با حق توكيل به غير و ارجاع امر به كارشناسي. 10 - انعقاد و اجراي قراردادها و انجام تعهدات سازمان درچارچوب اين اساسنامه و دستورالعملهاي مصوب. 11 - ايجاد ارتباط و هماهنگي بين سازمان و نيروهاي مسلح و ساير مراكز مرتبط با اهداف سازمان در داخل و خارج از كشور طبق دستورالعملهاي ابلاغ شده و در چارچوب اين اساسنامه.
تبصره 1
رئيس سازمان ميتواند برخي از اختيارات خود را به تشخيص و مسؤوليت خود به كاركنان سازمان واگذار نمايد.
تبصره 2
كليه دعاوي بينالمللي و قراردادهاي خارجي ازطريق معاونت ذيربط وزارت دفاع پيگيري ميشود.
تبصره 3
كليه مكاتبات، قراردادها و اسناد تعهدآور سازمان با امضاي رئيس سازمان معتبر است.