اهداف سازمان بشرح زير ميباشند:
1
طراحي سيستم آموزشي، پرورشي، و توانبخشي به نحوي كه ناتوانائيهاي ذهني و جسمي كودكان و دانشآموزان استثنايي جبران گردد و اينگونه كودكان و دانشآموزان بتوانند پس از گذراندن مراحل تحصيلي خود موقعيت اجتماعي و اقتصادي مناسب شرايط خويش را بدست آورند.
2
تغيير و اصلاح مداوم آموزش و پرورش استثنايي با توجه به روشهاي نوين آموزش و پرورش استثنايي در جهان و نيازهايي كه اينگونه كودكانو دانشآموزان در ارتباط با شرايط خاص جامعه دارند.
3
آموزش و پرورش گروههاي مختلف كودكان و دانشآموزان استثنايي با توجه به نيازهاي خاص هر گروه در سطوح قبل از دبستان، ابتدايي،راهنمايي و متوسطه و با تأكيد خاص بر آموزش حرفهاي و تلاش براي تحت پوشش قرار دادن كليه اين گونه كودكان و دانشآموزان.
4
كمك به پيشگيري از بروز ناتوانيهاي جسمي و ذهني، قبل از تولد، هنگام تولد و بعد از تولد از طريق بالا بردن سطح آگاهي عمومي در زمينه عوامل بروز معلوليتها و خصوصيات كودكان استثنايي.