ارزشهاي بنيادين با توجه به مباني ارزشي نظام علم و فناوري نقشه جامع علمي كشور و تأكيد بر حاكميت جهانبيني توحيدي اسلام، عدالتمحوري، اخلاقمحوري، ثروتآفريني، هماهنگي با محيط زيست و اهميت كرامت انساني، مباني ارزشي سند ملي گياهان دارويي و طب سنتي عبارتند از:
۱
اعتقاد به انحصار شفا براي خداوند و وسيله بودن طب براي تحقق اراده الهي در شفاي بيماران؛
۲
آميختگي طب سنتي ايراني با آموزههاي اخلاقي و تعهد ديني و ضرورت مراعات دقيق موازين اخلاقي در تمام مراحل آموزش، پژوهش و ارائه خدمات پزشكي در عاليترين سطح؛
۳
عدالت محوري در توسعه بخش گياهان دارويي و طب سنتي و برخورداري از دستاوردهاي آن؛
۴
اعتقاد راسخ به حفظ سلامت و بهداشت جسم و جان در آموزههاي دين؛
۵
اخلاق محوري، تقدم مصالح عمومي بر منافع فردي و گروهي، تقويت روحيه تعاون و مشاركت و مسئوليتپذيري آحاد علمي و نهادهاي مرتبط با آن؛